Aeon Flux, esrarengiz bir şekilde ölürken biri tarafından kurtarılmıştır. Flux, yeniden doğarken kardeşi ile birlikte hayata sımsıkı tutunurken kardeşini öldürmüşlerdir. İntikam almak için en üst düzey yöneticiyi öldürmeye yemin eder. Ve bu üst düzey yönetici aynı zamanda da bir genetik uzmanıdır. Kendini kopyalayarak sonsuz yaşamı isteyen bir adamdır. Böyle olunca Flux'ın tek amacı kardeşinin intikamını almaktan çok artık bir amacı daha vardır. Klonlamayı yoketmek. Bunun yanında da tabi bir de yardım eden arkadaşları da olacaktır. (Devam)
Bu serinin ana konusu atış hikâyeleridir.Bu hikâyeler geniş menzillere dayanır ve bilimsel teknolojik konularda yer alır.Bazı hikâyeler kalp ısıtan mutlu sonlarla biter fakat bu hikâye hiç de öyle değildir ve kötü son ile biter.Bölümleri kötü orandadır ve öyle biter.